首次在南非和博茨瓦纳发现的 Omicron 变体的快速传播再次引发了变体监测的问题。 卫生专家评估了非洲 Covid-19 流行病的情况。
非洲的疫情在哪里？ 我们对今天的病毒传播了解多少？
德拉曼卡尼亚： 如果我们将非洲大陆的情况与其他大陆观察到的情况进行比较，大流行的影响似乎不那么重要：那里记录的病例数较低，死亡人数也较低。
但是，不要草率下结论：这些表象可能具有误导性，实际上病毒的传播量肯定比这些数字所显示的要大。 造成这种差异的原因是非洲大陆特有的问题：在许多国家，诊断能力有限且缺乏数据，即使诸如 APHRO-冠状病毒 和其他举措加强了一些国家的诊断能力。 此外，当出现健康问题时，很大一部分人不一定习惯提及医疗保健机构。 由于这些原因，Covid-19 的真实病例数量因此肯定被低估了。
这一假设得到以下事实的证实，即在资源更多且因此可以更常规地进行诊断的国家（如南非或马格里布国家），报告的病例数更为重要。 相反，在西非，血清阳性率研究证实了低估的存在，该研究检测感染病毒后产生的抗体。 这项工作表明，在某些地方，近几个月来超过一半的人口暴露于 SARS-CoV-2。
阿尔法凯塔： 截至 2 月 9,5 日，非洲已有超过 XNUMX 万例病例， 近 230 人死亡. 这比其他大陆少，但我们可以看到，一个国家与另一个国家之间存在巨大差异：记录的死亡人数大多发生在卫生系统最高效的国家，并且能够正确收集与流行病相关的数据. 这支持了病例漏报的假设。
作为支持非洲抗击冠状病毒反应的 Ariacov 项目的一部分，我们在几内亚对取自首都科纳克里人口的样本进行了血清学研究。 这项工作包括相隔几个月进行的三项调查，结果显示，2020 年 17 月，科纳克里 30% 的人口曾接触过该病毒。 到 50 月底 - XNUMX 月初，这个数字已经上升到超过 XNUMX% 的人口。 XNUMX-XNUMX月，这一比例接近XNUMX%。
这些结果清楚地表明，病例数被低估了。 死亡人数也是如此，因为只计算发生在 CHU 附属医院和中心的死亡人数。 当然，最终大流行并不是预期的屠杀，但必须理解的是，病例和死亡人数被低估了。
理查德·纽姆： 在喀麦隆，Covid-19 流行的情况与撒哈拉以南非洲其他国家的情况相同：确诊的 SARS-CoV-2 感染病例数较低，因病毒，可能是由于低估。
为了更好地了解 Covid-19 大流行的影响并跟踪 SARS-CoV-2 在非洲大陆的演变，我们于 2020 年春季启动了一项名为 修复, 与所有非洲研究所成员 牧师网. 这项工作涵盖各个领域：诊断测试的开发和性能评估（在喀麦隆巴斯德中心，我们开发了一种易于使用的比色测试，目前正在现场和巴斯德网络的其他研究所进行评估。） 、病毒的分子流行病学研究、其传播的数学模型等。还在几个“哨兵”人群中进行了 SARS-CoV-2 血清阳性率调查，例如卫生人员和献血者。
SARS-CoV-2的这种循环能否促进变异的出现？
DK： 该理论告诉我们，病毒传播得越多，出现变异的风险就越大。 事实上，当病毒在受感染的细胞中繁殖时，它会无数次复制其遗传物质。 在这样做时，他可能会犯错误、变异。 其中一些突变是有害的，携带它们的病毒会死亡； 其他已修复； 其他人仍然坚持。
整个问题是基因组中发生的这些变化（在某种程度上，这是“病毒颗粒的构建计划”，编者注）是否会导致病毒结构的变化，如果是这样的话。如果是这样，会有什么后果：他们会改变它的传播能力吗？ 它的毒力？ 其他特点？
为了能够检测到这一点，必须有一个良好的监测或监视系统，特别是基于重要的测序能力。 不幸的是，在非洲，大多数实验室不具备所需的技术能力。 在大多数情况下，人们无法超越诊断测试，诊断测试只能检测病毒的存在或确认其不存在。
虽然有时可以对检测呈阳性的样本中的病毒基因组进行测序，但这只能偶尔进行，有时仅在样本收集后 3 或 4 个月进行。 进行实时变异监测的能力非常不足； 因此，我们对流行病的演变和非洲大陆实际传播的变种数量的看法肯定是有缺陷的。
能够建立此类监测的国家正在检测更多变种，这可能是自大流行开始以来南非在其领土上发现至少两种令人关注的变种的部分原因。 这使当局能够很早就向国际社会发出警报。 测序重要性的证明，位于 Bobo Dioulasso 的 Muraz 中心，该研究的合作伙伴ANRS | 新发传染病，我们能够在 XNUMX 月中旬检测到 Omicron 变体感染的两例病例，这意味着它也在布基纳法索传播。
具体而言，如何进行变体监测？
AK： 它主要基于各国对流行病毒进行测序的能力。 目前，在查看研究人员将获得的序列存放在其中的数据库（如平台）的贡献时， 吉赛德 例如），我们看到非洲很少参与。 例如，自 311 年 10 月 2020 日以来，几内亚仅在 GISAID 上存放了 XNUMX 个基因组。
（同期，南非交存近25万，法国000万，英国近16万，美国000万。中国交存。1,5，编者注）
为了改善这种情况，项目 非洲银幕 由ANRS 协调启动| 与巴斯德研究所和 IRD 合作的新兴传染病。 在几内亚，它允许我们进行两个月的例行样本筛查。 这种方法包括在检测呈阳性的样本中寻找与世界卫生组织 (WHO) 列出的已知变体相对应的突变谱。
这种筛查是对从首都三大医疗中心之一住院的患者、自发前来接受检测的人或旅行者身上采集的样本进行的。 结果可以在数小时内获得，允许实时监控。
但是筛选有其局限性，因为它侧重于已知的变异（感兴趣的变异或关注的变异），其突变已经被识别。 未分类变异的突变谱都列为“野生”，这不提供额外的信息，也不允许对出现的变异进行详尽的监测。
只有全基因组测序才能对新变种中可能发生的突变进行详细分析，并确定它们是否值得关注，是否会增加病毒的传播性或使其逃脱免疫力 - 无论是天然的还是由疫苗等赋予的。
因此，有必要在尽可能多的国家加强这些能力（特别是能够将一个国家的数据与另一个国家的数据进行比较），这也是 Afroscreen 网络的主题。
RN： 测序对于研究 SARS-CoV-2 在时间和空间上的扩散以及追踪危险变异的出现确实是必不可少的。 在喀麦隆，由于巴斯德研究所的支持，我们得以加强我们在材料和人员培训方面的能力。 到 2021 年 116 月，我们因此能够建立基因组监测，从而对 XNUMX 个完整基因组进行测序。 获得的结果证实了 Alpha、Beta、Delta 和 Gamma 变体在该国的流通。 我们希望 Afroscreen 网络将这项工作增加十倍。
成为这种规模的网络（汇集了 13 个非洲国家）的一部分的另一个优势是知识和数据的共享。 通过在开放的 GISAID 数据库中发布获得的结果，可以监控和更好地了解该地区的流量。
关于疫苗接种，我们在非洲大陆的什么地方？
DK： 许多国家最初在获得疫苗方面遇到了困难。 为了克服这个问题， 出现了各种倡议. 除了这个当然必不可少的可访问性问题之外，出现了第二个问题：民众的支持，他们通常缺乏科学信息来回答他们的问题。 另一方面，假新闻在社交网络上广泛传播，助长了人们对疫苗接种的不信任。 目前，似乎只有有义务旅行的公民才决定接种疫苗……扭转这一趋势是另一个挑战。
RN： 在喀麦隆，疫苗接种情况很晚：只有1.1%的目标人群有完整的疫苗接种时间表。 人们对该国现有的疫苗持怀疑态度。 因此，挑战之一是让人们相信疫苗的有效性。 在非洲观察到的这种疫苗延迟要求通过测序进一步加强对变异的监测。 如果我们能够确定哪些变异在哪些地区流行，卫生当局将更容易决定开展有针对性的疫苗接种活动，从而更有效地控制疫情。
阿尔法内阁凯塔，微生物学家，科纳克里大学助理教授，蒙彼利埃大学研究员，Inserm U1175， 法国发展研究院（IRD）; 德拉曼·卡尼亚, 药剂师-病毒学家, MURAZ 中心 (Bobo-Dioulasso, 布基纳法索) - 国家公共卫生研究所, 和 理查德·纽姆, 喀麦隆巴斯德中心病毒学系主任, 喀麦隆巴斯德中心