«Только граждане, которые обязаны путешествовать, решаются пройти вакцинацию»

Быстрое распространение варианта Omicron, впервые выявленного в Южной Африке и Ботсване, снова поднимает вопрос о надзоре за вариантами. Специалисты в области здравоохранения анализируют ситуацию с эпидемией Covid-19 в Африке.

Где сейчас эпидемическая ситуация в Африке? Что мы знаем о циркуляции вируса сегодня?

Драман Каниа: Если мы сравним ситуацию на африканском континенте с ситуацией, наблюдаемой на других континентах, влияние пандемии кажется менее значительным: количество зарегистрированных случаев там меньше, как и количество смертей.

Однако не следует делать поспешных выводов: эта внешность, вероятно, вводит в заблуждение, и в действительности циркуляция вируса определенно больше, чем показывают эти цифры. Это несоответствие объясняется проблемами, характерными для африканского континента: во многих странах диагностические возможности ограничены, а данные отсутствуют, даже если такие проекты, как АПХРО-КОВ и другие инициативы укрепили диагностический потенциал в нескольких странах. Кроме того, большая часть населения не обязательно обращается в медицинские учреждения в случае возникновения проблем со здоровьем. По этим причинам количество реальных случаев Covid-19, безусловно, недооценивается.

Эта гипотеза подтверждается тем фактом, что в странах, которые имеют больше ресурсов и где, следовательно, диагноз может быть поставлен более регулярно (например, в Южной Африке или в странах Магриба), количество зарегистрированных случаев более важно. В Западной Африке, напротив, существование занижения было подтверждено исследованиями серологической распространенности, которые выявляют антитела, вырабатываемые после заражения вирусом. Эта работа показала, что в некоторых местах более половины населения за последние месяцы подверглось воздействию SARS-CoV-2.

Альфа Кейта: По состоянию на 2 января в Африке зарегистрировано более 9,5 миллионов случаев заболевания и около 230 000 смертей. Это меньше, чем на других континентах, но мы можем видеть большие различия между странами: большинство зарегистрированных смертей приходится на страны с наиболее эффективными системами здравоохранения, которые могут правильно собирать данные, связанные с эпидемией. . Это подтверждает гипотезу о занижении сведений о случаях.

В рамках проекта Ариакова, который поддержал африканские ответные меры по борьбе с коронавирусом, мы провели серологическое исследование в Гвинее на образцах, взятых у населения столицы Конакри. Эта работа, состоящая из трех опросов, проведенных с разницей в несколько месяцев, показала, что в декабре 2020 года 17% населения Конакри были в контакте с вирусом. К концу февраля - началу марта этот показатель вырос до более 30% населения. В июне - июле она составляла почти 50%.

Эти результаты ясно показывают, что количество случаев недооценивается. Число смертей тоже так, потому что учитываются только те, которые произошли в больницах и центрах, связанных с CHU. В конечном итоге, конечно, пандемия не была ожидаемой бойней, но следует понимать, что количество случаев заболевания и смертей было недооценено.

Ричард Нджуом: В Камеруне ситуация с эпидемией Covid-19 идентична ситуации в других странах Африки к югу от Сахары: количество подтвержденных случаев заражения SARS-CoV-2 невелико, как и количество смертей, связанных с вирус, возможно, из-за недооценки.

Чтобы лучше понять влияние пандемии Covid-19 и проследить эволюцию SARS-CoV-2 на африканском континенте, весной 2020 года мы запустили совместную исследовательскую программу под названием РЕМОНТ, со всеми африканскими институтами, входящими в Сеть пасторов. Эта работа охватывает различные области: разработка и оценка эффективности диагностических тестов (в Центре Пастера в Камеруне мы разработали простой в использовании колориметрический тест, который в настоящее время оценивается на местах и ​​в других институтах сети Пастера). молекулярные эпидемиологические исследования вируса, математическое моделирование его распространения и т. д. Обследования серологической распространенности SARS-CoV-2 также проводились в нескольких «дозорных» группах населения, таких как медицинский персонал и доноры крови.

Может ли эта циркуляция SARS-CoV-2 способствовать появлению разновидностей?

ДК: Теория говорит нам, что чем больше циркулирует вирус, тем выше риск появления разновидностей. Действительно, когда вирус размножается в инфицированной клетке, он копирует ее генетический материал бесчисленное количество раз. При этом он может совершать ошибки, мутации. Некоторые из этих мутаций вредны, и вирусы, которые их переносят, вымирают; другие ремонтируются; другие все еще сохраняются.

Весь вопрос в том, чтобы знать, приведут ли эти изменения, происходящие в геноме (который является своего рода «планом построения вирусных частиц», примечание редактора), к изменениям в структуре вируса, и так ли это. Если да, то каковы будут последствия: изменят ли они его передаваемость? Его вирулентность? Другие характеристики?

Чтобы обнаружить это, необходима хорошая система мониторинга или наблюдения, основанная, в частности, на значительном потенциале секвенирования. К сожалению, в Африке большинство лабораторий не имеют необходимого технического потенциала. В большинстве случаев нельзя выйти за рамки диагностических тестов, которые только определяют наличие вируса или подтверждают его отсутствие.

Хотя иногда возможно секвенировать геном вирусов по образцам, которые дали положительный результат, это можно сделать только изредка, а иногда только через 3 или 4 месяца после сбора образцов. Возможности для мониторинга вариантов в реальном времени очень недостаточны; по этой причине наш взгляд на эволюцию эпидемии и количество вариантов, действительно циркулирующих на континенте, безусловно, ошибочен.

Страны, которые могут установить этот тип наблюдения, выявляют больше вариантов, что, вероятно, частично объясняет тот факт, что Южная Африка выявила как минимум два вызывающих беспокойство варианта на своей территории с момента начала пандемии. Это позволило властям заблаговременно предупредить международное сообщество. Доказательство важности секвенирования в центре Muraz в Бобо-Диуласо, партнереANRS | Возникающие инфекционные заболевания, нам удалось выявить в середине декабря два случая заражения вариантом Омикрон, что означает, что он также циркулирует в Буркина-Фасо.

Конкретно как осуществляется мониторинг вариантов?

АК: По сути, он основан на способности стран секвенировать циркулирующие вирусы. В настоящее время при просмотре вкладов в базы данных, в которые исследователи помещают полученные последовательности (например, платформа ГИСЭЙД например), мы видим, что Африка очень мало участвует. Гвинея, например, разместила в GISAID только 311 геномов с 10 января 2020 года.

(За тот же период Южная Африка депонировала почти 25 000, Франция 16 000, Великобритания почти 1,5 миллиона и США 1,9 миллиона. Китай депонировал их. 1299, примечание редактора)

Чтобы улучшить ситуацию, проект Афроэкран запущен, координируется ANRS | Новые инфекционные заболевания, в сотрудничестве с Институтом Пастера и IRD. В Гвинее это позволило нам в течение двух месяцев практиковать рутинный отбор проб. Этот подход заключается в поиске в образцах, получивших положительный результат, профилей мутаций, соответствующих известным вариантам, перечисленным Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ).

Этот скрининг проводится на образцах, взятых либо у пациентов, госпитализированных в один из трех крупных медицинских центров столицы, либо у людей, которые спонтанно приезжают на обследование, либо у путешественников. Результаты могут быть получены в течение нескольких часов, что позволяет отслеживать их в реальном времени.

Но у скрининга есть свои пределы, поскольку он сосредоточен на уже известных вариантах (представляющих интерес или вызывающих озабоченность вариантах), мутации которых уже идентифицированы. Профили мутаций неклассифицированных вариантов перечислены как «дикие», что не дает дополнительной информации и не позволяет проводить исчерпывающий мониторинг возникающих вариантов.

Только полногеномное секвенирование может позволить провести подробный анализ мутаций, которые могут возникать в новых вариантах, и определить, могут ли они вызывать беспокойство или нет, есть ли какие-либо опасения, что они сделают вирус более передаваемым или позволят ему ускользнуть. иммунитет - естественный или вызванный вакцинами и т. д.

Следовательно, необходимо усилить эти возможности в максимально возможном количестве стран (в частности, чтобы иметь возможность сравнивать данные из одной страны в другую), что также является предметом сети Afroscreen.

РН: Секвенирование действительно важно для изучения распространения SARS-CoV-2 во времени и пространстве и для отслеживания появления опасных вариантов. В Камеруне, благодаря поддержке Института Пастера, мы смогли укрепить наши возможности как в плане материалов, так и в плане обучения персонала. Таким образом, по состоянию на январь 2021 года мы смогли настроить геномный мониторинг, в результате которого было секвенировано 116 полных геномов. Полученные результаты подтвердили распространение в стране вариантов Alpha, Beta, Delta и Gamma. Мы надеемся, что сеть Afroscreen увеличит эти усилия в десять раз.

Другое преимущество участия в сети такого размера, объединяющей 13 африканских стран, - это обмен знаниями и данными. Публикуя полученные результаты в открытой базе данных GISAID, можно будет отслеживать и лучше понимать трафик в регионе.

Что касается вакцинации, где мы находимся на континенте?

ДК: Многие страны изначально столкнулись с трудностями при получении вакцины. Чтобы преодолеть проблему, появились различные инициативы. Помимо этого вопроса доступности, который, безусловно, важен, возникает вторая проблема: проблема поддержки населения, которому, как правило, не хватает научной информации для ответа на свои вопросы. С другой стороны, фейковые новости широко передаются в социальных сетях и подпитывают недоверие людей к вакцинации. На данный момент кажется, что только граждане, которые обязаны путешествовать, решаются пройти вакцинацию ... Еще одна проблема - обратить вспять эту тенденцию.

РН: В Камеруне ситуация с вакцинацией очень запоздалая: только 1.1% целевой группы населения имеют полный график вакцинации. Люди с подозрением относятся к вакцинам, доступным в стране. Поэтому одна из задач - убедить людей в действенности вакцин. Эта задержка вакцинации, наблюдаемая в Африке, требует еще большего усиления надзора за вариантами путем секвенирования. Если мы сможем определить, какие варианты циркулируют на каких территориях, органам здравоохранения будет легче принять решение о проведении целевых кампаний вакцинации, которые более эффективны в сдерживании эпидемии.

---

Альфа Кабинет Кейта, Микробиолог, доцент Университета Конакри, исследователь Университета Монпелье, Inserm U1175, Институт Развития Развития (IRD); Драман Каниа, Фармацевт-вирусолог, Центр МУРАЗ (Бобо-Диуласо, Буркина-Фасо) - Национальный институт общественного здравоохранения, и Ричард Нджуом, Заведующий отделением вирусологии Центра Пастера в Камеруне, Камерун Центр Пастера

Эта статья переиздана с Беседа под лицензией Creative Commons. Прочитайтеоригинальная статья.