It-tixrid rapidu tal-varjant Omicron, identifikat għall-ewwel darba fl-Afrika t'Isfel u l-Botswana, għal darb'oħra tqajjem il-kwistjoni tas-sorveljanza tal-varjanti. Speċjalisti tas-saħħa jipprovdu aġġornament dwar is-sitwazzjoni tal-epidemija tal-Covid-19 fl-Afrika.
Fejn hi s-sitwazzjoni tal-epidemija fl-Afrika? X'nafu dwar iċ-ċirkolazzjoni tal-virus illum?
Drama Kania: Jekk inqabblu s-sitwazzjoni fil-kontinent Afrikan ma’ dik osservata fil-kontinenti l-oħra, l-impatt tal-pandemija jidher inqas sinifikanti: in-numru ta’ każijiet irreġistrati huwa inqas hemmhekk, kif ukoll in-numru ta’ mwiet.
Madankollu, m'għandniex naslu konklużjonijiet mgħaġġlin: dawn id-dehriet probabbilment huma qarrieqa, u fir-realtà ċ-ċirkolazzjoni tal-virus hija ċertament aktar importanti milli jindikaw dawn iċ-ċifri. Din id-diskrepanza tista’ tiġi spjegata bi problemi speċifiċi għall-kontinent Afrikan: f’ħafna pajjiżi, il-kapaċitajiet dijanjostiċi huma limitati u d-dejta hija nieqsa, anke jekk proġetti bħal APHRO-COV u inizjattivi oħra saħħew il-kapaċità dijanjostika f'diversi pajjiżi. Barra minn hekk, parti kbira tal-popolazzjoni mhix bilfors imdorrija tirreferi għal strutturi tal-kura tas-saħħa f’każ ta’ problema ta’ saħħa. Għal dawn ir-raġunijiet, in-numru ta’ każijiet reali ta’ Covid-19 huwa għalhekk ċertament sottovalutat.
Din l-ipoteżi hija kkorroborata mill-fatt li, f’pajjiżi b’aktar riżorsi u fejn id-dijanjosi tista’ għalhekk issir b’mod aktar rutina (bħal fl-Afrika t’Isfel jew fil-pajjiżi tal-Magreb), in-numru ta’ każijiet irrappurtati huwa aktar importanti. Fl-Afrika tal-Punent, għall-kuntrarju, l-eżistenza ta 'sottovalutazzjoni ġiet ikkonfermata minn studji ta' seroprevalenza, li jiskopru l-antikorpi prodotti wara infezzjoni bil-virus. Dan ix-xogħol wera li f'xi postijiet, aktar minn nofs il-popolazzjoni kienet esposta għal SARS-CoV-2 fl-aħħar ftit xhur.
Alpha Keita: Mit-2 ta’ Jannar fl-Afrika, kien hemm aktar minn 9,5 miljun każ u mhux 'il bogħod minn 230 mewt. Dan huwa inqas minn fuq kontinenti oħra, iżda ninnutaw li hemm disparitajiet kbar minn pajjiż għall-ieħor: il-biċċa l-kbira tal-imwiet irreġistrati jinsabu f'pajjiżi li s-sistemi tas-saħħa tagħhom huma l-aktar effiċjenti, u li huma kapaċi jiġbru b'mod korrett data relatata mal-epidemija. . Dan jappoġġa l-ipoteżi ta' sottorapportar tal-każijiet.
Bħala parti mill-proġett Ariakov, li appoġġja r-rispons Afrikan fil-ġlieda kontra l-koronavirus, għamilna studju seroloġiku fil-Ginea fuq kampjuni meħuda mill-popolazzjoni tal-kapitali, Conakry. Dan ix-xogħol, li kien jikkonsisti fi tliet stħarriġ li saru ftit xhur 'il bogħod minn xulxin, żvela li f'Diċembru 2020, 17% tal-popolazzjoni ta' Conakry kienet f'kuntatt mal-virus. Fl-aħħar ta’ Frar – il-bidu ta’ Marzu, din iċ-ċifra kienet telgħet għal aktar minn 30% tal-popolazzjoni. F'Ġunju - Lulju, laħaq kważi 50%.
Dawn ir-riżultati jindikaw b'mod ċar li n-numru ta' każijiet huwa sottovalutat. In-numru ta’ mwiet huwa importanti wkoll, għax jingħaddu biss dawk li jseħħu fi sptarijiet u ċentri affiljati maċ-CHU. Fl-aħħar mill-aħħar, ovvjament, il-pandemija ma kinitx il-qatla mistennija, iżda jrid jiġi mifhum li n-numri ta 'każijiet u mwiet ġew sottovalutati.
Richard Njouom: Fil-Kamerun, is-sitwazzjoni tal-epidemija tal-Covid-19 hija identika għal dik ta’ pajjiżi oħra fl-Afrika sub-Saħarjana: in-numru ta’ każijiet ikkonfermati ta’ infezzjonijiet tas-SARS-CoV-2 huwa baxx, kif ukoll in-numru ta’ mwiet li huma attribwiti lill-Kamerun. virus, probabbilment minħabba sottovalutazzjoni.
Sabiex nifhmu aħjar l-impatt tal-pandemija tal-Covid-19 u nsegwu l-evoluzzjoni tas-SARS-CoV-2 fil-kontinent Afrikan, fir-rebbiegħa tal-2020 nedejna programm ta’ riċerka kollaborattiva msejjaħ TISWIJA, mal-istituti Afrikani kollha li huma membri tal- Netwerk Pastor. Dan ix-xogħol jikkonċerna diversi oqsma: żvilupp u evalwazzjoni tal-prestazzjoni tat-testijiet dijanjostiċi (fiċ-Ċentru Pasteur fil-Kamerun, żviluppajna test kolorimetriku faċli biex jintuża, li bħalissa qed jiġi evalwat fil-qasam u fl-istituti l-oħra tan-Netwerk Pasteur ), studji tal-epidemjoloġija molekulari tal-virus, mudellar matematiku tat-tixrid tiegħu, eċċ. Saru wkoll stħarriġ dwar is-seroprevalenza tas-SARS-CoV-2 f'diversi popolazzjonijiet "sentinella", bħal persunal tal-kura tas-saħħa u donaturi tad-demm .
Tista' din iċ-ċirkolazzjoni ta' SARS-CoV-2 tiffavorixxi l-ħolqien ta' varjanti?
DK: Dak li tgħidilna t-teorija huwa li aktar ma jiċċirkola virus, akbar ikun ir-riskju li jitfaċċaw varjanti. Tabilħaqq, meta virus jimmultiplika f'ċellula infettata, jikkopja l-materjal ġenetiku tiegħu għal ħafna drabi. Meta jagħmel dan, jista 'jagħmel żbalji, mutazzjonijiet. Xi wħud minn dawn il-mutazzjonijiet huma ta 'ħsara, u l-viruses li jġorruhom imutu; oħrajn jissewwew; finalment oħrajn jippersistu.
Il-mistoqsija kollha hija li tkun taf jekk dawn il-bidliet li jseħħu fil-ġenoma (li b'xi mod huwa l-"pjan ta 'kostruzzjoni ta' partiċelli virali", nota tal-editur) se jissarrfux f'bidliet fl-istruttura tal-virus, u jekk dan huwiex Jekk iva, x'se jkunu l-konsegwenzi: se jimmodifikaw it-trażmissibbiltà tagħha? Il-virulenza tagħha? Karatteristiċi oħra?
Biex ikun jista’ jinduna b’dan, huwa meħtieġ li jkun hemm sistema tajba ta’ monitoraġġ jew sorveljanza, ibbażata b’mod partikolari fuq kapaċitajiet sinifikanti ta’ sekwenzar. Sfortunatament, fl-Afrika, il-maġġoranza tal-laboratorji m'għandhomx il-kapaċitajiet tekniċi meħtieġa. Fil-biċċa l-kbira tal-każijiet, wieħed ma jistax imur lil hinn mit-testijiet dijanjostiċi, li jiskopru biss il-preżenza tal-virus jew jikkonfermaw in-nuqqas tiegħu.
Għalkemm xi drabi huwa possibbli li l-ġenoma tal-viruses tiġi ssekwenzata minn kampjuni ttestjati pożittivi, dan jista' jsir biss okkażjonalment, u xi drabi biss 3 jew 4 xhur wara li jkunu ttieħdu l-kampjuni. Il-ħila li jintraċċaw varjanti f'ħin reali hija insuffiċjenti ħafna; għal din ir-raġuni, il-fehma tagħna tal-evoluzzjoni tal-epidemija u n-numru ta 'varjanti li attwalment qed jiċċirkolaw fil-kontinent hija ċertament distorta.
Pajjiżi li huma kapaċi jistabbilixxu dan it-tip ta 'sorveljanza jiskopru aktar varjanti, li probabbilment jispjega parzjalment il-fatt li l-Afrika t'Isfel identifikat mill-inqas żewġ varjanti ta' tħassib fit-territorju tagħha mill-bidu tal-pandemija. Dan ippermetta lill-awtoritajiet javżaw lill-komunità internazzjonali kmieni ħafna. Prova tal-importanza tas-sekwenzjar, fiċ-ċentru Muraz f'Bobo Dioulasso, sieħeb tal-ANRS | Mard infettiv emerġenti, stajna niskopru żewġ każijiet ta 'infezzjoni mill-varjant Omicron f'nofs Diċembru, li jfisser li qed jiċċirkola wkoll fil-Burkina Faso.
B'mod konkret, kif isir il-monitoraġġ tal-varjanti?
AK: Hija essenzjalment ibbażata fuq l-abbiltà tal-pajjiżi li sekwenzaw virusijiet li jiċċirkolaw. Fil-preżent, meta nħarsu lejn il-kontribuzzjonijiet għad-databases li fihom ir-riċerkaturi jiddepożitaw is-sekwenzi miksuba (bħall-pjattaforma GISAID pereżempju), naraw li l-Afrika tipparteċipa ftit li xejn. Il-Ginea, pereżempju, iddepożitat biss 311-il ġenoma fuq GISAID mill-10 ta’ Jannar 2020.
(Fl-istess perjodu, l-Afrika t'Isfel ippreżentat kważi 25, Franza 000, ir-Renju Unit kważi 16 miljun u l-Istati Uniti 000 miljun. Iċ-Ċina ppreżentat 1,5, nota tal-editur)
Biex ittejjeb is-sitwazzjoni, il-proġett Afroscreen ġie mniedi, ikkoordinat mill-ANRS | Mard infettiv emerġenti, b'kollaborazzjoni mal-Institut Pasteur u l-IRD. Fil-Ginea, ippermettilna għal dawn l-aħħar xahrejn inwettqu skrining ta’ rutina tal-kampjuni. Dan l-approċċ jikkonsisti fit-tfittxija, f'kampjuni ttestjati pożittivi, għall-profili ta' mutazzjoni li jikkorrispondu għal varjanti magħrufa, elenkati mill-Organizzazzjoni Dinjija tas-Saħħa (WHO).
Dan l-iscreening isir fuq kampjuni meħuda jew minn pazjenti rikoverati f’wieħed mit-tliet ċentri ewlenin tal-kura tas-saħħa fil-kapitali, jew minn nies li jiġu spontanjament biex jiġu ttestjati, jew minn vjaġġaturi. Ir-riżultati jistgħu jinkisbu fi ftit sigħat, li jippermetti monitoraġġ f'ħin reali.
Iżda l-iskrinjar għandu l-limiti tiegħu, peress li huwa ffukat fuq varjanti diġà magħrufa (varjanti ta 'interess jew varjanti ta' tħassib), li l-mutazzjonijiet tagħhom diġà ġew identifikati. Il-profili tal-mutazzjoni tal-varjanti mhux klassifikati huma kollha elenkati bħala "selvaġġ", li ma jipprovdix informazzjoni addizzjonali u ma jippermettix monitoraġġ eżawrjenti tal-varjanti li joħorġu.
Is-sekwenzjar tal-ġenoma kollu biss jista' janalizza fid-dettall il-mutazzjonijiet li jistgħu jinqalgħu f'varjanti ġodda, u jiddeterminaw jekk humiex ta' tħassib jew le, jekk jibżgħux li jagħmlu l-virus aktar trasmissibbli, jew iħalluh jaħrab mill-immunità - kemm jekk naturali jew mogħtija minn vaċċini, eċċ.
Huwa għalhekk meħtieġ li jissaħħu dawn il-kapaċitajiet fl-akbar numru possibbli ta’ pajjiżi (b’mod partikolari biex tkun tista’ titqabbel data minn pajjiż għal ieħor), li huwa wkoll l-iskop tan-netwerk Afroscreen.
NR: Is-sekwenzjar huwa tabilħaqq essenzjali biex tistudja d-diffużjoni ta 'SARS-CoV-2 fil-ħin u l-ispazju u biex tiġi segwita l-emerġenza ta' varjanti perikolużi. Fil-Kamerun, grazzi għall-appoġġ tal-Institut Pasteur, stajna nsaħħu l-kapaċitajiet tagħna, kemm fil-livell materjali kif ukoll f'termini ta 'taħriġ tal-persunal. Minn Jannar 2021, stajna nwaqqfu monitoraġġ ġenomika li rriżulta fis-sekwenzjar ta '116-il ġenoma komplut. Ir-riżultati miksuba kkonfermaw iċ-ċirkolazzjoni tal-varjanti Alpha, Beta, Delta u Gamma fil-pajjiż. Nittamaw li n-netwerk Afroscreen jimmultiplika dan l-isforz b'għaxar darbiet.
Il-vantaġġ l-ieħor li tkun parti minn netwerk ta’ dan id-daqs, li jiġbor flimkien 13-il pajjiż Afrikan, huwa l-kondiviżjoni tal-għarfien u d-dejta. Grazzi għall-pubblikazzjoni tar-riżultati miksuba fid-database miftuħa GISAID, se jkun possibbli li ssegwi u tifhem aħjar iċ-ċirkolazzjoni fir-reġjun.
Rigward it-tilqim, fejn qegħdin fil-kontinent?
DK: Ħafna pajjiżi inizjalment iltaqgħu ma 'diffikultajiet biex jiksbu l-vaċċin. Biex tirrimedja l-problema, ħarġu diversi inizjattivi. Lil hinn minn din il-kwistjoni tal-aċċessibbiltà, ċertament essenzjali, tqum it-tieni problema: dik tal-adeżjoni tal-popolazzjonijiet, li ġeneralment ma jkollhomx informazzjoni xjentifika biex iwieġbu l-mistoqsijiet tagħhom. Aħbarijiet foloz, min-naħa l-oħra, huma trasmessi b'mod wiesa 'fuq in-netwerks soċjali, u jkattru n-nuqqas ta' fiduċja tan-nies fit-tilqim. Fil-preżent, jidher li ċittadini biss li huma obbligati li jivvjaġġaw jiddeċiedu li jitlaqqmu... It-treġġigħ lura ta' din it-tendenza hija sfida oħra.
NR: Fil-Kamerun, is-sitwazzjoni tat-tilqim hija ferm lura: 1.1% biss tal-popolazzjoni fil-mira għandha skeda kompluta ta 'tilqim. In-nies joqogħdu attenti mill-vaċċini disponibbli fil-pajjiż. Waħda mill-isfidi hija għalhekk li tikkonvinċi lin-nies dwar il-merti tal-vaċċini. Dan id-dewmien fil-vaċċin osservat fl-Afrika jitlob aktar u aktar għal tisħiħ tas-sorveljanza tal-varjanti permezz tas-sekwenzjar. Jekk nistgħu niddeterminaw liema varjanti qed jiċċirkolaw f'liema territorji, ikun aktar faċli għall-awtoritajiet tas-saħħa li jiddeċiedu li jistabbilixxu kampanji ta' tilqim immirati, li huma aktar effettivi biex irażżnu l-epidemija.
Alpha Kabinett Keita, Mikrobijologu, assistent professur fl-Università ta 'Conakry, riċerkatur fl-Università ta' Montpellier, Inserm U1175, Istitut tar-Riċerka għall-Iżvilupp (IRD); Dramane Kania, Spiżjar-Virologu, Ċentru MURAZ (Bobo-Dioulasso, Burkina Faso) – Istitut Nazzjonali tas-Saħħa Pubblika, u Richard Njouom, Kap tad-dipartiment tal-viroloġija taċ-Ċentru Pasteur fil-Kamerun, Ċentru Pasteur tal-Kamerun
Dan l-artikolu huwa ppubblikat mill-ġdid minn Il Konversazzjoni taħt liċenzja Creative Commons. Aqra l-artikolu oriġinali.