گسترش سریع نوع Omicron، که برای اولین بار در آفریقای جنوبی و بوتسوانا شناسایی شد، یک بار دیگر موضوع نظارت نوع را مطرح می کند. متخصصان بهداشت در مورد وضعیت همه گیری کووید-19 در آفریقا به روز رسانی می کنند.
وضعیت اپیدمی در آفریقا کجاست؟ امروز درباره گردش ویروس چه می دانیم؟
درام کانیا: اگر وضعیت قاره آفریقا را با وضعیت مشاهده شده در سایر قاره ها مقایسه کنیم، تأثیر این همه گیری کمتر قابل توجه به نظر می رسد: تعداد موارد ثبت شده در آنجا و همچنین تعداد مرگ و میرها کمتر است.
با این حال، ما نباید عجولانه نتیجه گیری کنیم: این ظواهر احتمالا گمراه کننده هستند و در واقعیت مطمئناً گردش ویروس مهمتر از آن چیزی است که این ارقام نشان می دهد. این اختلاف را می توان با مشکلات خاص قاره آفریقا توضیح داد: در بسیاری از کشورها، ظرفیت های تشخیصی محدود و داده ها کم است، حتی اگر پروژه هایی مانند APHRO-COV و ابتکارات دیگر ظرفیت تشخیصی را در چندین کشور تقویت کرده است. علاوه بر این، بخش بزرگی از جمعیت لزوماً عادت به مراجعه به ساختارهای مراقبتهای بهداشتی در صورت بروز مشکل ندارند. به این دلایل، تعداد موارد واقعی کووید-19 قطعا دست کم گرفته می شود.
این فرضیه با این واقعیت تأیید میشود که در کشورهایی که منابع بیشتری دارند و بنابراین میتوان تشخیص را به طور معمولتر انجام داد (مانند آفریقای جنوبی یا کشورهای مغرب)، تعداد موارد گزارششده اهمیت بیشتری دارد. برعکس، در غرب آفریقا، وجود یک دست کمگرفتن توسط مطالعات شیوع سرمی تایید شده است که آنتیبادیهای تولید شده پس از عفونت با ویروس را شناسایی میکنند. این کار نشان داده است که در برخی نقاط، بیش از نیمی از جمعیت در چند ماه گذشته در معرض SARS-CoV-2 قرار گرفته اند.
آلفا کیتا: تا 2 ژانویه در آفریقا، بیش از 9,5 میلیون مورد و فاصله چندانی با 230 مرگ ندارد. این میزان کمتر از سایر قارهها است، اما ما توجه میکنیم که تفاوتهای زیادی از کشوری به کشور دیگر وجود دارد: بیشتر مرگومیرهای ثبتشده در کشورهایی است که سیستمهای بهداشتی آنها کارآمدترین هستند و میتوانند به درستی دادههای مربوط به همهگیری را جمعآوری کنند. . این فرضیه عدم گزارش موارد را تأیید می کند.
به عنوان بخشی از پروژه آریاکوف، که از واکنش آفریقایی در مبارزه با ویروس کرونا حمایت می کند، ما یک مطالعه سرولوژیکی در گینه بر روی نمونه های گرفته شده از جمعیت پایتخت، کوناکری، انجام دادیم. این کار که شامل سه نظرسنجی بود که به فاصله چند ماه انجام شد، نشان داد که در دسامبر 2020، 17 درصد از جمعیت کوناکری با ویروس در تماس بوده اند. در پایان فوریه تا اوایل ماه مارس، این رقم به بیش از 30 درصد از جمعیت رسیده بود. در ماه ژوئن تا ژوئیه، به تقریبا 50٪ رسید.
این نتایج به وضوح نشان می دهد که تعداد موارد کمتر برآورد شده است. تعداد مرگ و میرها نیز مهم است، زیرا فقط مواردی که در بیمارستان ها و مراکز وابسته به CHU رخ می دهند، شمارش می شوند. در نهایت، البته، این همه گیری کشتار مورد انتظار نبود، اما باید درک کرد که تعداد موارد و مرگ و میر کمتر برآورد شده است.
ریچارد نجوم: در کامرون، وضعیت همهگیری کووید-19 با سایر کشورهای جنوب صحرای آفریقا یکسان است: تعداد موارد تأیید شده عفونت SARS-CoV-2 کم است، همچنین تعداد مرگ و میرهایی که به این بیماری نسبت داده میشوند، کم است. ویروس، احتمالا به دلیل دست کم گرفتن.
به منظور درک بهتر تأثیر همهگیری کووید-19 و پیگیری تکامل SARS-CoV-2 در قاره آفریقا، در بهار سال 2020 یک برنامه تحقیقاتی مشترک به نام راهاندازی کردیم. بازسازی، با تمام مؤسسات آفریقایی که عضو آن هستند شبکه پاستور. این کار به زمینههای مختلفی مربوط میشود: توسعه و ارزیابی عملکرد تستهای تشخیصی (در مرکز پاستور در کامرون، ما یک تست رنگسنجی با کاربرد آسان را ایجاد کردهایم که در حال حاضر در این زمینه و در سایر مؤسسات شبکه پاستور در حال ارزیابی است. مطالعات اپیدمیولوژی مولکولی ویروس، مدلسازی ریاضی گسترش آن، و غیره. بررسیهای شیوع سرمی SARS-CoV-2 همچنین در چندین جمعیت «نگهبان»، مانند پرسنل مراقبتهای بهداشتی و اهداکنندگان خون، انجام شده است.
آیا این گردش SARS-CoV-2 می تواند به ظهور انواع آن کمک کند؟
DK: آنچه این تئوری به ما می گوید این است که هر چه یک ویروس بیشتر در گردش باشد، خطر ظهور انواع آن بیشتر است. در واقع، هنگامی که یک ویروس در یک سلول آلوده تکثیر می شود، مواد ژنتیکی خود را بارها کپی می کند. در انجام این کار، او می تواند اشتباهات، جهش داشته باشد. برخی از این جهش ها مضر هستند و ویروس های ناقل آنها از بین می روند. بقیه تعمیر می شوند. بالاخره دیگران پافشاری می کنند
کل سوال این است که بدانیم آیا این تغییراتی که در ژنوم رخ میدهد (که به نوعی «طرح ساخت ذرات ویروسی» است، یادداشت سردبیر) به تغییراتی در ساختار ویروس تبدیل میشود، و اگر چنین است، عواقب آن چه خواهد بود: آیا آنها قابلیت انتقال آن را اصلاح خواهند کرد؟ حدت آن؟ سایر خصوصیات؟
برای شناسایی این موضوع، داشتن یک سیستم نظارت یا نظارت خوب، به ویژه بر اساس ظرفیت های توالی یابی قابل توجه، ضروری است. متأسفانه در آفریقا اکثریت آزمایشگاه ها از ظرفیت فنی لازم برخوردار نیستند. در بیشتر موارد، نمی توان از تست های تشخیصی فراتر رفت، که فقط وجود ویروس را تشخیص می دهد یا عدم وجود آن را تایید می کند.
اگرچه گاهی اوقات میتوان توالی ژنوم ویروسها را از نمونههای مثبت آزمایش کرد، اما این کار را فقط میتوان گاهی انجام داد، و گاهی فقط ۳ یا ۴ ماه پس از نمونهبرداری. توانایی ردیابی انواع در زمان واقعی بسیار ناکافی است. به همین دلیل، دیدگاه ما در مورد تکامل اپیدمی و تعداد انواعی که واقعاً در این قاره در گردش هستند، مطمئناً منحرف است.
کشورهایی که میتوانند این نوع نظارت را راهاندازی کنند، انواع بیشتری را شناسایی میکنند، که احتمالاً تا حدی این واقعیت را توضیح میدهد که آفریقای جنوبی از ابتدای همهگیری حداقل دو نوع نگرانی را در قلمرو خود شناسایی کرده است. این به مقامات اجازه داد تا جامعه بین المللی را خیلی زود آگاه کنند. اثبات اهمیت توالی، در مرکز موراز در Bobo Dioulasso، شریکANRS | بیماری های عفونی در حال ظهور، ما توانستیم دو مورد عفونت توسط نوع Omicron را در اواسط دسامبر شناسایی کنیم، به این معنی که در بورکینافاسو نیز در حال گردش است.
به طور مشخص، نظارت بر انواع مختلف چگونه انجام می شود؟
AK: اساساً مبتنی بر توانایی کشورها در توالیبندی ویروسهای در گردش است. در حال حاضر، وقتی به مشارکت در پایگاههای اطلاعاتی که محققین توالیهای بهدستآمده را در آن سپرده میکنند (مانند پلتفرم) نگاه میکنیم. GISAID به عنوان مثال)، می بینیم که آفریقا بسیار کم شرکت می کند. به عنوان مثال، گینه از 311 ژانویه 10 تنها 2020 ژنوم را در GISAID ذخیره کرده است.
(در همین مدت، آفریقای جنوبی نزدیک به 25، فرانسه 000، بریتانیا نزدیک به 16 میلیون و ایالات متحده 000 میلیون ثبت نام کردند. چین 1,5 را ثبت کرد، یادداشت سردبیر)
برای بهبود وضعیت، پروژه افرواسکرین راه اندازی شد، با هماهنگی ANRS | بیماری های عفونی نوظهور، با همکاری انستیتو پاستور و IRD. در گینه، ما را در دو ماه گذشته قادر به انجام غربالگری معمول نمونه ها کرده است. این رویکرد شامل جستجو، در نمونههای مثبت تست شده، برای پروفایلهای جهش مربوط به انواع شناختهشده، فهرستشده توسط سازمان بهداشت جهانی (WHO) است.
این غربالگری بر روی نمونههایی که از بیماران بستری در یکی از سه مرکز بهداشتی اصلی پایتخت یا افرادی که بهطور خودجوش برای آزمایش مراجعه میکنند و یا از مسافران گرفته میشود، انجام میشود. نتایج را می توان در چند ساعت به دست آورد که امکان نظارت در زمان واقعی را فراهم می کند.
اما غربالگری محدودیتهای خود را دارد، زیرا بر روی انواع شناخته شده از قبل (انواع مورد علاقه یا انواع نگرانی) متمرکز است که جهشهای آنها قبلاً شناسایی شده است. پروفایلهای جهش انواع طبقهبندینشده همگی بهعنوان «وحشی» فهرست شدهاند، که اطلاعات بیشتری را ارائه نمیدهد و اجازه نظارت کامل بر انواعی که ظاهر میشوند را نمیدهد.
فقط توالی یابی کل ژنوم می تواند جهش هایی را که ممکن است در گونه های جدید ایجاد شود با جزئیات تجزیه و تحلیل کند و تعیین کند که آیا آنها نگران کننده هستند یا خیر، آیا می ترسند ویروس را بیشتر منتقل کنند یا به او اجازه می دهند از مصونیت فرار کند - چه طبیعی باشد یا توسط واکسن ها و غیره
بنابراین لازم است که این ظرفیت ها در بسیاری از کشورها تقویت شود (به ویژه برای مقایسه داده ها از یک کشور به کشور دیگر)، که همچنین هدف شبکه Afroscreen است.
NR: توالی یابی در واقع برای مطالعه انتشار SARS-CoV-2 در زمان و مکان و ردیابی ظهور انواع خطرناک ضروری است. در کامرون به لطف حمایت انستیتو پاستور توانستیم ظرفیت های خود را چه در سطح مادی و چه در زمینه آموزش کارکنان تقویت کنیم. از ژانویه 2021، ما توانستیم پایش ژنومی را راهاندازی کنیم که منجر به تعیین توالی 116 ژنوم کامل شد. نتایج بهدستآمده، گردش انواع آلفا، بتا، دلتا و گاما را در کشور تأیید کرد. امیدواریم شبکه افرواسکرین این تلاش را ده برابر کند.
مزیت دیگر عضویت در شبکه ای به این اندازه که 13 کشور آفریقایی را گرد هم می آورد، به اشتراک گذاری دانش و داده است. به لطف انتشار نتایج به دست آمده در پایگاه داده باز GISAID، امکان پیگیری و درک بهتر تیراژ در منطقه وجود خواهد داشت.
در مورد واکسیناسیون، ما در کجای این قاره هستیم؟
DK: بسیاری از کشورها در ابتدا در تهیه واکسن با مشکلاتی مواجه بودند. برای رفع مشکل، ابتکارات مختلفی پدید آمده است. فراتر از این مسئله دسترسی، که قطعاً ضروری است، مشکل دومی نیز مطرح میشود: مشکل پیوستگی جمعیتها، که عموماً فاقد اطلاعات علمی برای پاسخ به سؤالات خود هستند. از سوی دیگر اخبار جعلی به طور گسترده در شبکه های اجتماعی مخابره می شود و بی اعتمادی مردم به واکسیناسیون را دامن می زند. در حال حاضر به نظر می رسد تنها شهروندانی که مجبور به سفر هستند تصمیم به واکسینه شدن دارند... معکوس کردن این روند چالش دیگری است.
NR: در کامرون، وضعیت واکسیناسیون بسیار عقب است: تنها 1.1٪ از جمعیت هدف برنامه واکسیناسیون کامل دارند. مردم نسبت به واکسن های موجود در کشور محتاط هستند. بنابراین یکی از چالش ها متقاعد کردن مردم در مورد شایستگی واکسن ها است. این تأخیر واکسن مشاهده شده در آفریقا بیش از پیش به تقویت نظارت بر انواع از طریق توالی یابی کمک می کند. اگر بتوانیم تعیین کنیم که کدام گونه ها در کدام مناطق در گردش هستند، برای مقامات بهداشتی آسان تر خواهد بود که تصمیم بگیرند کمپین های واکسیناسیون هدفمند را راه اندازی کنند، که در مهار اپیدمی موثرتر است.
آلفا کابینت کیتا، میکروبیولوژیست، استادیار دانشگاه کوناکری، محقق دانشگاه مونپلیه، Inserm U1175، Institut de recherche pour le développement (IRD); درامان کانیا، داروساز-ویروس شناس، مرکز MURAZ (Bobo-Dioulasso، بورکینافاسو) - موسسه ملی بهداشت عمومی، و ریچارد نجومرئیس بخش ویروس شناسی مرکز پاستور در کامرون، مرکز پاستور کامرون
این مقاله بازنشر شده است از گفتگو تحت مجوز Creative Commons را بخوانیدمقاله اصلی.